De eerste Europeanen arriveerden in 1512 in het gebied dat nu Indonesië heet. Portugese handelaren onder leiding van Francisco Serrão waren op zoek naar de specerijen nootmuskaat, kruidnagel en peper. Ze wilden de internationale handel hierin controleren, omdat er in die tijd veel geld te verdienen was met specerijen. Die waren zó duur dat er een uitdrukking uit voortgekomen is om andere spullen aan te duiden die erg duur zijn. Die spullen worden ‘peperduur’ genoemd.
Al snel volgen de Nederlandse en Britse handelaren. In 1602 richtten de Nederlanders de Verenigde Oost-Indische Compagnie, de VOC, op. De VOC werd de belangrijkste Europese macht in de regio. Na het failliet van de VOC in 1798, werd het land onder de naam Nederlands-Indië een Nederlandse kolonie.
Soekarno
Het gezag van Nederland beperkte zich tot delen van het land tijdens het grootste gedeelte van de koloniale periode. Nederland had in grote delen van het land niet veel te vertellen. Pas aan het begin van de twintigste eeuw kreeg Nederland grip op het hele Nederlands-Indische grondgebied. Wel ontstond in de jaren ’20 een beweging die streefde naar onafhankelijkheid van Nederlands-Indië. Leiders van die beweging waren Soekarno en Hatta. Die woonden en studeerden toen in Nederland.
In februari 1942 vielen Japanse troepen de kolonie binnen. Daarmee begon een bezetting die 3½ jaar duurde. En zo kwam er een einde aan het Nederlandse bewind. De onafhankelijkheidsbeweging in de kolonie greep de gelegenheid die de bezetting bood aan om aan kracht te winnen.
Tijdens de Japanse bezetting werd bijna 40% van de Nederlanders in Jappenkampen opgesloten. In die kampen heersten mensonterende omstandigheden. De Indiërs werden gedwongen om mee te helpen met de Japanners. Maar vele nationalistische sympathisanten kozen zelf ook voor samenwerking met de Japanners.
Op 17 augustus 1945, twee dagen na de overgave van Japan verklaarden de invloedrijke nationalistische leiders Soekarno en Hatta Nederlands-Indië onafhankelijk. Soekarno werd de eerste zelfbenoemde president van de Republiek Indonesië.
Nederland verzette zich hiertegen en probeerde door een oorlog de onafhankelijkheid weer ongedaan te maken. Tijdens die oorlog, van 1947 tot in 1949, voerde het Nederlandse leger grote veldtochten uit. Deze veldtochten werden "politionele acties" genoemd, om te verbloemen dat het om kolossale militaire operaties ging waarbij talloze soldaten sneuvelden en waarbij ook veel burgers omkwamen.
Onder druk van de internationale gemeenschap erkende Nederland uiteindelijk in december 1949 de Indonesische onafhankelijkheid, met uitzondering van Nieuw-Guinea (nu Irian Jaya). Lange tijd werd in Nederland alleen de onafhankelijkheidsdatum van 27 december 1949 gehanteerd. Nieuw-Guinea werd uiteindelijk, na een tussenbewind van de VN, in 1963 aan Indonesië overgedragen.